What is life? / 生命是什么?
讲述者简介
我的名字是保罗·纳斯(Paul Nurse)。我是一名遗传学家和细胞生物学家,在伦敦负责运营一个名为弗朗西斯·克里克研究所(Francis Crick Institute)的生物医学研究机构。我刚刚写了一本书,这是我的第一本书,书名是《生命是什么?》。
第一章:生命是什么?
我将这本书命名为《生命是什么?》,因为它触及了生物学中的根本问题。生物学家研究生命体,对我们而言,一个关键的问题是理解有生命与无生命之物的区别。你可能会认为这是一个相当简单的问题,但实际上,它并不容易回答。如果你在维基百科或词典中查找,往往会得到相当复杂的答案。我希望能够探讨这个问题,利用我多年的生物学背景和思考经验,尝试回答这个我认为是生物学领域最核心的问题之一。
必须说明的是,我绝不是第一个思考这个问题的人。我的工作建立在许多前人的基础之上,尤其是一本同样名为《生命是什么?》的著名书籍,由伟大的物理学家薛定谔(Schrödinger)于 1940 年代撰写。关于生命,其实并没有一个非常好的定义。我在这本书中采用的方法是,选取生物学中五个伟大的思想——这些思想得到了大多数科学家的认同,其中一些甚至已经存在了数个世纪。我深入探讨了这五个思想:细胞的概念、基因的概念、自然选择进化论、从化学角度理解生命,以及第五个思想,从信息角度理解生命。
所有这些思想都已被广泛接受,尽管最后一个,即“生命即信息”,或许不像其他几个那样被完全接受。通过探索这五个思想,解释它们的起源——这本身就非常有趣——然后从中提炼出原则,我试图定义生命是什么。这就是我决定采用的方法。
第二章:细胞,生命的起点
细胞,在我对生命概念的理解中,是一个至关重要的概念。为什么这么说?因为它是一个可以被明确无误地认定为具有生命的最简单实体。对于其他一些生命形式,比如病毒,还存在一些争议,我们或许可以稍后讨论。但所有人都同意,细胞是生命的基本单位。它不仅是生命的基本结构单位——这在学校里经常被提及——它也是生命的基本功能单位。我的意思是,它是展现生命特征的最简单的物体。它能够生长、分裂和繁殖。
单细胞生物,即仅由一个细胞构成的生命体,同样具备其他生命形式的所有特征;它们只是更为简单。因此,我有时会将细胞视为“生命的原子”,就像物理学家在 20 世纪初谈论原子一样。细胞是等同的概念;它是生命的原子。
我们通常不怎么阅读关于细胞的内容,尽管近年来随着干细胞及其在替换受损组织、器官等医学应用方面的讨论增多,情况有所改变。但我希望将重点放在细胞作为生命之根本的这个层面上。因为所有的生命体——我自己、一株植物、一只昆虫,我们周围所有有生命的东西——要么是单个细胞,要么是由协同工作的细胞群构成。这就是它至关重要的原因。
我们人类有时可能会忘记,我们所有人都曾是一个单细胞。我们曾是母亲体内的受精卵——一个单细胞。如果我们都始于一个单细胞,这难道不是我们应该深感兴趣的事情吗?这是不是我们尚未完全领会的事实?对我而言,我相信是的,我希望能阐明这一点。所以,你最好对细胞感兴趣,因为你也曾是一个细胞。如果我们理解了细胞,我们就能更好地理解我们自己以及这个星球上的所有其他生命体。
我第一次看到细胞是在上学的时候,我忘了具体是几岁,大概是 12 或 13 岁。我有一位富有启发性的生物老师,他叫基思·尼尔(Keith Neal),我至今仍称他为尼尔先生。他向我们解释,如果我们取一小段洋葱根尖,将其压扁,然后在显微镜下观察,我们就能看到构成根尖的细胞。事实的确如此。它们就在那里。我通过显微镜看到了这些排列成行的盒状结构,那就是细胞。我觉得这真是太奇妙了。
作为一个学生,通过显微镜看到那些细胞,对我来说是一次启示,但对于第一个看到细胞的人来说,那更是一次伟大的启示。那个人是罗伯特·胡克(Robert Hooke)。在 1660 年代,他在我现在居住的牛津工作,用一个非常简单的显微镜观察了一片薄薄的植物切片,看到了细胞。他在 1665 年一本非常著名的书《显微图谱》(Micrographia)中公布了他的发现。那些图像和我数个世纪后在显微镜下看到的几乎一模一样。看到这些事物真是太美妙了,因为作为一名科学家,我们观察周围的世界,当我们使用像显微镜这样的仪器去探索时,我们能发现更多。我在 12、13 岁时发现的事物之一就是细胞本身。它一定给我留下了深刻的印象,因为 50 多年后的今天,我仍旧在研究它。
第三章:酵母与人类的古老联系
细胞的一个重要特征是它们通过分裂自我繁殖,由一变二。当然,繁殖是所有生命的特征,是所有生命体都会做的基本事情之一。在细胞分裂中,你可以看到它最简单的形式。这一点尤其让我着迷,因为在我二十多岁寻找研究课题时——那已经是很久以前了——我想研究一个基本过程。对我来说,细胞繁殖正是如此,因为所有生命体都会繁殖,而我们在细胞中看到了它最简单的形式。我想,如果我们能理解细胞如何控制其繁殖,我们就能触及生命的核心奥秘之一。因此,我将自己的一生都投入到了研究这个重要问题上。
在考虑如何研究细胞繁殖时,我决定采用一个简单的系统,一个我们能轻松操作的系统,一个可以进行各种实验——细胞生物学、生物化学、遗传学实验——的系统,这样我们就可以利用生物学家的所有工具来理解其内在机制。我决定研究酵母。大多数人对酵母并不感到兴奋,但我必须说,我对此非常兴奋。他们可能认为酵母只是用来酿造啤酒、葡萄酒和制作面包的,但实际上,它的意义远不止于此。它是一个非常好的模型,可以用来研究其他细胞,包括像我们这样更复杂的生命体中的细胞。
从酵母到人类的细胞都称为“真核细胞”(eukaryotes)。这是一个技术术语,意味着它们的染色体,即 DNA,被包裹在细胞核内。我的想法是,如果我能理解酵母细胞的繁殖过程,或许就能揭示我们自身细胞是如何控制分裂的。事实证明,这是正确的。在我职业生涯的后期,经过多年对酵母的研究,我和我的同事们发现了控制整个细胞分裂过程的分子,并进一步证明了完全相同的过程也同样在人体内运作。
坦率地说,那是我一生中最激动人心的发现之一,因为它具有深远的意义。如果控制酵母细胞繁殖的过程与控制人类细胞的完全相同,那么这个控制机制必定极为古老。酵母和人类的进化分歧至少发生在十亿年前,很可能是一百五十亿年前。这意味着这个控制过程是在一百五十亿年前——即 15 亿年前——就已形成。为了让大家有个概念,恐龙灭绝仅仅在 6500 万年前,而这个时间要长得多得多。我们回溯到了远古的深处,这个机制在当时就已建立,并且至今在酵母和人类中保持不变。
这个过程是如此相似,以至于我和我的实验室通过以下方式证明了这一点:我们在人类中识别出相应的基因,将其植入酵母细胞,并发现它能完全替代酵母自身的基因。换句话说,经过 15 亿年的演化,这个过程仍然如此相似,以至于它们可以完全互换。这就像从一辆玛莎拉蒂的汽车发动机中取出一个活塞,然后装入一辆福特汽车中,只不过福特和玛莎拉蒂之间的进化差距长达 15 亿年。然而,它仍然能够工作。
酵母的另一个巨大优势是它非常适合遗传学研究。杂交不同的酵母菌株、追踪基因在杂交过程中的传递、以及通过突变或损伤基因来观察其对酵母细胞功能的影响,都非常容易。这是一个绝佳的系统,尤其适合研究我们尚不了解的领域。我对细胞如何控制其分裂,即从一个细胞诞生、经历生长再到分裂的过程非常感兴趣。为了研究这一点,我寻找了无法完成这一过程的突变酵母细胞。它们仍然可以生长,但无法繁殖。这意味着这些细胞只会变得越来越大,因为虽然它们的生长不受影响,但它们无法分裂。
因此,作为一名博士后研究员,我寻找那些只会不断变大而从不分裂的突变酵母细胞。通过这种方法,我得以确定一些对整个细胞繁殖过程至关重要的基因。这个从细胞诞生到分裂的过程,我们称之为“细胞周期”(cell cycle)。我将这些基因命名为“细胞分裂周期基因”(cell division cycle genes),简称 CDC 基因。实际上,我是在追随我的朋友利·哈特韦尔(Lee Hartwell)的工作,他比我早几年研究了另一种酵母,也将其基因命名为 CDC 基因。就这样,我们在两种相当不同的酵母中,揭示了一些编码细胞由一变二所需组分的基因。这便是我们探索该过程控制机制的开端。
第四章:基因、DNA 与进化
我提到细胞是在 17 世纪被发现的。而首次揭示基因本质的研究则源于 19 世纪,由一位名叫格雷戈尔·孟德尔(Gregor Mendel)的修士完成。他在奥匈帝国一个名为布尔诺(Brno)的小镇工作,该地现属捷克共和国。他所属的修会不仅在当地学校任教,还积极鼓励科学研究。孟德尔对豌豆的遗传学非常感兴趣。他将具有不同性状的豌豆进行杂交,例如高茎与矮茎、不同颜色花朵或不同形状种子的豌豆,并研究这些杂交后代的性状表现。
他曾接受过物理学训练,并且是一位业余天文学家,绘制过月球地图,还作为气象学家研究天气。有趣的是,我自己也是一位业余气象学家和天文学家,因此我对孟德尔感到一种特别的亲近感。我提及这一点,是因为他与当时大多数生物学家不同,他非常注重定量分析。他会计数。当时的生物学家倾向于描述事物,而非计数,而物理学家则倾向于测量和计数。他统计了这些豌豆杂交后产生的不同类型后代的数量,并开始注意到一些非常清晰的比例,即著名的三比一,以及九比三比三比一的比例。
作为一名物理学家,他意识到这些都是非常简单的组合。他提出了一个想法:负责遗传高茎或矮茎性状的,可以被描述为一种影响该过程的“基因”——一种可以从一代传递到下一代的单位粒子。他的理解并非完全准确,这需要再过三四十年,当其他人重新发现他的工作并更清晰地解释后才得以完善。但这是第一个证据,表明存在一种我们现在称之为“基因”的颗粒状物质。这个发现的起源难道不有趣吗?它源于一位谦逊的修士在欧洲中部一个不起眼的小镇上,对一种普通的豌豆植物所做的研究。而这,最终催生了整个遗传学学科。
不幸的是,当时没有人注意到孟德尔的工作,完全没有。他的论文已经发表,甚至查尔斯·达尔文也收到了一份。我注意到,十到十五年后,《大英百科全书》中也提到了它,但没有人关注他的解释。直到 1900 年代初,三位不同的植物学家进行了类似的实验,得到了相同的结果,但他们随后不得不承认,这一切都早在 35 年前就被那位园艺修士描述过了。因此,他在生前没有因其发现而获得任何荣誉,但现在,遗传学的一个核心部分以他的名字命名,称为孟德尔遗传学,以示敬意。
在 20 世纪的很长一段时间里,基因一直被研究,但它们仍然是一个相当抽象的概念,没有人知道它们到底是什么。后来,纽约的洛克菲勒大学进行了一项非常著名的实验。我对这个实验情有独钟,因为我曾担任洛克菲勒大学的校长,并在纽约生活了近十年。这个实验证明了基因是由 DNA,即脱氧核糖核酸构成的。这项工作由一位名叫艾弗里(Avery)的科学家完成。他研究一种名为肺炎球菌的细菌,这种细菌可以形成光滑或粗糙的菌落。他发现,如果从光滑菌落中提取化学物质,并将其添加到粗糙菌落中,有时粗糙菌落会转变为光滑菌落。他接着探究是哪种化学物质导致了这种转变,并发现 DNA 是其原因。
然而,就像孟德尔的遭遇一样,这个发现再次被基本忽视了。它也引发了争议,因为 DNA 并非一个特别复杂的分子。当时许多科学家认为,它不够精巧或复杂,无法编码基因必须携带的全部信息。但事实上,艾弗里是完全正确的。DNA 负责遗传,它就是构成基因的物质。
这一点在另一组同样精彩的实验中得到了进一步证实,这次是在大西洋的另一边,由剑桥和伦敦的多位科学家共同完成:沃森(Watson)和克里克(Crick)在剑桥工作,威尔金斯(Wilkins)和富兰克林(Franklin)在伦敦工作。罗莎琳德·富兰克林拍摄了一些非常漂亮的 DNA 的 X 射线衍射图片,威尔金斯在此之前也参与了这项工作。这些图片揭示了一个非常有趣的衍射图像,如果能被正确解读,就能揭示分子的结构。而这正是克里克和沃森所做的工作。他们解读了这些衍射斑点,并揭示出,只有当 DNA 的结构是双螺旋时,才能解释这些图像。
什么是双螺旋结构?我喜欢把它比作一个带梯级的梯子。每个梯级由两个碱基组成,一个来自梯子的一侧,另一个来自另一侧。碱基有四种类型,但以字母'A'开头的碱基总是与以'T'开头的碱基配对,另一对是'G'和'C'。这意味着梯子的一侧是由 A、G、C、T 等字母组成的序列,而其互补序列则在另一侧。这个梯子随后被扭曲成螺旋状,这便是 DNA 的构成。
关于这一点,有两个非常令人兴奋的特征。首先,它传递信息,而信息是通过构成梯子侧链的碱基顺序——即 A、G、C、T 的排列顺序——来传递的。这基本上是一个数字信息存储设备。这是一种非常经济的信息存储方式。书籍由字母构成,这是数字信息;我们使用的计算机由字节构成,这也是数字信息。我们总以为这是我们人类的发明,但实际上,生命可能在 35 亿年前就已经发明了它。这就是 DNA 的信息存储功能。
但它的精妙之处远不止于此,因为其结构意味着它极易被精确复制。如果你将这个梯子拆开,每一侧都会有半个梯级,即一个碱基,如 A、T、G 或 C,而另一侧则有其互补的碱基。现在,你可以复制梯子的每一侧,从而精确地制造出副本,最终产生两个而非一个双螺旋结构。这便是遗传的基础。一个特定的实验——在伦敦发现的美丽的 X 射线结构,以及在剑桥对其的解读——能够同时解释遗传的本质、信息编码的方式以及信息如何被精确复制,这是非常罕见的。这是一个无比美妙的实验。
DNA 对于理解细胞周期和细胞繁殖至关重要。因为每当一个细胞繁殖时,它都必须复制其 DNA,并将其分配到两个新分裂的子细胞中。否则,子细胞将缺乏基因和遗传物质,无法存活。这意味着这个复制过程——发生在每个细胞周期的 S 期(DNA 合成期)——必须以极高的精度复制基因组中的每一个碱基对。如果出现错误,基因就会受损,细胞就无法正常工作。因此,复制过程非常精确,但偶尔也会发生一些微小的损伤,而这对于进化来说,却至关重要,我们稍后会讨论这一点。
自然选择进化论,对我来说,可能是生物学中最美的思想。这里需要考虑两件事:一是进化本身——动植物会进化吗?二是,进化的机制是什么?动植物可能进化的想法其实相当古老,甚至亚里士多德也曾有过一些思考。特别是在 18 世纪,许多人在观察化石等证据后推测,动植物是随时间演变的。但直到 19 世纪中叶,查尔斯·达尔文才提出了一个机制:自然选择进化论。
他得出这一结论,源于他乘坐一艘名为“小猎犬号”(Beagle)的皇家海军小船进行的为期五年的环球航行。他收集了动植物和鸟类标本,研究地质,并进行了大量的自然历史观察。这最终在 1840 年代促成了他的思想,尽管他直到 1859 年才发表。它提供了一个动植物可以进化的机制,本质上是在没有设计者的情况下实现了“设计”。这怎么可能呢?这是一个非常巧妙的想法,其基础正是我已经谈到的基因和细胞。
他推测,所有生命体都拥有遗传物质。他当时并不知道基因,但他推测,如果这种遗传物质存在变异,导致生命体产生差异,那么就有可能产生生长更快或繁殖更多的动植物。这意味着在下一代中,这种特定变体的数量会更多。如果这种变体在其所处环境中具有优势,它最终将主导整个种群。这样,一种类型的生物就演变成了另一种略有不同的生物。
我有时会用一个非常简单的模型来解释这一点。想象一个单细胞生物,其细胞外要么是红色外壳,要么是黄色外壳。假设红色外壳的生物被其他生物吃掉了。那么,如果发生了一个突变,导致红色外壳变成了黄色外壳,那么黄色外壳的细胞就会比红色外壳的生存得更好。结果,它们将主导整个种群。这只是自然选择进化论的一个非常简单的例子,但它建立在我一直在讨论的思想之上。它建立在基因的概念以及基因决定细胞特性的事实